中國科學院空間應用工程與技術中心前身是1993年成立的中國科學院空間科學與應用總體部。隨著我國空間站工程全面展開，2010年11月，中科院黨組決定在總體部基礎上籌建空間應用中心，2012年8月，獲中編辦批準正式成立。空間應用中心是中國載人航天工程運行與管理支持中心的依托單位，承擔我國載人航天工程技術抓總、預先研究管理、應用成果管理和推廣、數據管理、國際合作、科普公益以及空間站運營管理規劃、應用任務規劃及項目論證評估等工作，為載人航天工程發展提供科學、技術和管理全面支撐。同時中心作為載人航天工程空間應用系統總體單位，負責載人航天工程應用系統研制的組織管理，系統設計、集成、測試，可靠性保障，有效載荷在軌運控管理和數據服務等系統技術支持、支撐等工作。