中國科學院昆明分院前身是中國科學院成立于1957年的中國科學院昆明辦事處，1958年擴建為中國科學院云南分院，1962年，中國科學院云南分院與四川分院、貴州分院合并，共同在成都成立中國科學院西南分院。1978年10月，經國務院批準，西南分院撤銷，成立中國科學院昆明分院。昆明分院作為中國科學院機關的派出機構，負責聯絡和協調中國科學院在云南和貴州地區的昆明植物研究所、昆明動物研究所、西雙版納熱帶植物園、地球化學研究所、國家天文臺云南天文臺5個科研單位。昆明分院建有4個國家重點實驗室，6個院重點實驗室，8個院地共建重點實驗室，2個院級研究中心，3個共建工程中心，有中國西南野生生物種質資源庫、探月工程地面應用系統40米射電望遠鏡、亞洲最大口徑的2.4米通用光學望遠鏡、亞洲最大的地面太陽觀測基地-撫仙湖一米太陽塔、西雙版納萬種植物園和昆明動物博物館、西南生物多樣性實驗室等重大科研平臺，擁有一批先進的大型科研儀器設備和完善的計算機網絡系統及生物多樣性信息系統。