中心（加掛南寧市食品安全風險監測與檢驗檢測中心、南寧市健康教育所、南寧市結核病防治所、南寧市預防醫學研究所、南寧市衛生檢測檢驗中心5塊牌子）是在原南寧市衛生防疫站、南寧市結核病防治所、南寧市醫學情報所、南寧市健康教育所的基礎上，于2002年7月組建的副處級全額撥款事業單位。負責轄區疾病預防與控制、突發公共衛生事件應急處置、疫情報告及健康相關因素信息管理、健康危害因素監測與干預、實驗室檢測分析與評價、健康教育與促進、技術管理與應用研究指導等工作。截至2023年底，中心占地面積35畝，有綜合辦公樓、門診培訓樓、理化檢驗樓、微生物檢驗樓、綜合保障大樓等5棟業務用房，建筑面積21099.72平方米，其中實驗室用房約8673.14平方米。此外，占地20畝的南寧市公共衛生應急處置中心已于2021年獲得立項批復，目前正在建設中。核定事業編制333名，后勤服務人員控制數8名，內設機構23個。擁有三重四級桿氣（液）相質譜儀、電感耦合等離子質譜儀、流動注射儀、高通量基因測序分析系統、多重病原核酸檢測系統，總價值近億元。具有CNAS認可、CMA資質認定等多項資質，是新冠病毒監測、流感、致病菌識別網等三個國家級網絡實驗室。檢測結果國際互認，具備服務“一帶一路”的檢測能力。是廣西首家能夠開展飲用水全分析（106項）的地市級疾控中心，同時是廣西首家開展基因測序并精準復核新冠病毒樣品的地級市疾控機構。中心是南寧市人才小高地，擁有市級醫學重點學科2個，自治區重點培育實驗室1個，自治區醫療衛生重點學科2個，是華中科技大學同濟醫學院、廣西醫科大學公衛學院等多家醫學院校的教學基地。