肝內膽管結石是膽管結石的一種類型，是指左右肝管匯合部以上各分枝膽管內的結石。它可以單獨存在，也可以與肝外膽管結石并存。一般為膽紅素結石。肝內膽管結石常合并肝外膽管結石;并發膽管梗阻;誘發局部感染及繼發膽管狹窄，使結石難以自行排出，病情遷延不愈。本病可引起嚴重并發癥，是良性膽道疾病死亡的重要原因。
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