真菌性食管炎的病原菌以念珠菌最為多見，其中最常見的是白色念珠菌，其次是熱帶念珠菌和克魯斯念珠菌。其他少見的有放線菌、毛霉菌、組織胞漿菌、曲霉菌、隱球菌以及一些植物真菌等，這些菌是從外環境中獲得的，其所引起的原發性食管感染僅見于嚴重免疫低下的病人。
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